雜交捕獲的原理是人工設計探針（DNA探針或者RNA探針），探針可以和目標區段部分或者全部互補。將樣本和探針混合，探針會(huì )將目標區段捕獲，未設計探針的區段會(huì )被洗脫丟棄，之后通過(guò)變性（一般是調節PH值到堿性）將探針和捕獲區段分開(kāi)，被捕獲的片段即可進(jìn)行二代測序文庫構建。

　　雜交捕獲流程介紹：

　　1、文庫制備

　　將提取后的基因組DNA利用超聲或酶切的方法將基因組DNA進(jìn)行片段化，并進(jìn)行末端修復和接頭連接，接著(zhù)進(jìn)行PCR及純化。

　　2、雜交反應

　　將帶有生物素標記的RNA/DNA探針，對DNA文庫的目標區域片段進(jìn)行結合（探針應過(guò)量）。

　　3、鏈霉親和素磁珠結合

　　使用鏈霉親和素磁珠結合帶有生物素標記的RNA/DNA探針與DNA文庫相結合的雙鏈復合物。

　　4、清洗

　　利用不同鹽濃度的緩沖液進(jìn)行多次清洗，主要目的為去除未被探針捕獲的非特異性雜交，保留目標區域的DNA從而達到捕獲效率的提升。

　　5、捕獲后擴增

　　對捕獲及清洗后的DNA產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴增，構建完成靶向富集的測序文庫。

　　雜交捕獲的優(yōu)缺點(diǎn)都是什么呢？

　　優(yōu)點(diǎn)：捕獲區段大，可以達到幾百MB，遠超PCR方案和MIP方案，同時(shí)根據探針的原理其均一性很好，均一性是評價(jià)捕獲技術(shù)很關(guān)鍵的參數，均一性好后續測序成本就會(huì )下降。

　　缺點(diǎn)：容易捕獲非目標片段，造成成本增加。因為雜交前樣本會(huì )被隨機打斷一般認為500bp是比較合適的長(cháng)度，探針捕獲時(shí)可能和目標片段部分雜交，導致一些含有部分目標區段的片段被捕獲。所以雜交捕獲的特異性較差，容易捕獲非目標區段。